На базі ІЕС діють такі навчальні програми:
- Дистанційна магістерська програма екуменічних наук для англомовних студентів - www.iesdistance.org.ua
Спеціалізація: екуменічні науки
На базі ІЕС діяли такі навчальні програми:
- Магістерська програма екуменічних наук
- Дистанційна магістерська програма екуменічних наук для україномовних студентів
Спеціалізації: журналістика, християнська етика